По одной из гипотез, большую роль в развитии эндометриоза играет наследственность, и очаги эндометрия заложены в других органах еще в эмбриональном периоде развития женщины. Их рост провоцируют гормональные изменения в организме, могущие возникать вследствие приема гормональных контрацептивов, бесконтрольного применения кортикостероидных препаратов, антибиотиков. Причиной возникновения эндометриоза, могут стать эндокринные нарушения вследствие сбоя работы желез внутренней секреции, стрессов, общих соматических заболеваний, неправильного питания.
Скорее всего, что прогрессирование эндометриоза происходит вследствие ухудшения иммунного фона населения планеты и мутаций, из-за которых иммунные клетки не могут уничтожать клетки эндометрия.
Факторами, способствующими развитию болезни, считаются перенесенные инфекционные заболевания, механические воздействия на органы малого таза при абортах, травматичных (оперативных) родах, инструментальных методах обследования (диагностическое выскабливание полости матки, гистероскопия), при диатермохирургических вмешательствах на шейке матки (прижигание эрозий) и установке внутриматочных контрацептивов.
Прогрессированию болезни могут способствовать неблагоприятные экологические факторы и занятие спортом в период месячных.