Основным документом, регулирующим порядок начисления и уплаты налога на добавленную стоимость, является Глава 21 Налогового кодекса РФ. Налоговым кодексом предусмотрено льготирование НИОКР, которое состоит в том, что часть реализации НИОКР не подлежит обложению НДС. Это, во- первых, НИОКР любой организации, выполняемые за счет средств бюджета и ряда внебюджетных фондов. Данная льгота применима ко всем предприятиям, как признанным, так и не признанным научными, как имеющим, так и не имеющим аккредитации, а также к индивидуальным предпринимателям. Выполнение не научными организациями НИОКР для любого другого заказчика, кроме бюджетных организаций, министерств и ведомств, облагается НДС.
Во-вторых, не облагается налогом реализация научными организациями НИОКР, независимо от того, кто выступает в качестве заказчика. При этом от НДС освобождаются как головные организации, являющиеся учреждениями образования и науки и занятые выполнением научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ на основе хозяйственных договоров, так и их соисполнители, в случае, если они также являются учреждениями образования и науки.
Прочая деятельность научных организаций, если она не признана НИОКР, облагается НДС на общих основаниях.
Дальнейшее рассмотрение налогообложения покажет, что из всех льгот научных организаций льгота по НДС – самая весомая, но при этом НДС обеспечивает значительную сумму налоговых поступлений в бюджет, причем достаточно оперативно. И, наконец, законодательство по НДС четко отграничивает научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы от прочей деятельности, хотя бы и связанной с наукой, и отдает первым явное преимущество. Одновременно оно ограничивает право на льготы ненаучных организаций, таким образом, предоставляя научным организациям некоторое конкурентное преимущество.
В целом можно сказать, что порядок льготирования НИОКР по налогу на добавленную стоимость вполне отвечает задаче стимулирования НИОКР; однако представляется целесообразным закрепить этот порядок в самом Налоговом Кодексе, а не только в подзаконном акте, каким являются методические рекомендации.
